Współpraca transnarodowa z udziałem Polski będzie realizowana w ramach dwóch programów Europejskiej Współpracy Terytorialnej: 

• Program Regionu Morza Bałtyckiego: oprócz Polski uczestniczą w nim: Dania, Estonia, Finlandia, Litwa, Łotwa, Niemcy (wybrane regiony), Szwecja oraz 3 państwa spoza UE: Białoruś (wybrane regiony), Norwegia i Rosja (wybrane regiony); 
  
  
• Program dla Europy Środkowej: oprócz Polski uczestniczą w nim: Austria, Czechy, Niemcy (wybrane regiony), Słowacja, Słowenia, Węgry, Włochy (wybrane regiony), Ukraina (wybrane regiony).

Zastąpią one programy współpracy transnarodowej: INTERRREG III B BSR i INTERREG III B CADSES, realizowane w ramach Inicjatywy Wspólnotowej INTERREG III.

Alokacja środków unijnych dla Polski na współpracę transnarodową w ramach Europejskiej Współpracy Terytorialnej wynosi 119, 234 mln euro.

Do głównych priorytetów współpracy realizowanej w ramach poszczególnych programów operacyjnych współpracy transnarodowej należą:

1. Wsparcie innowacyjności poprzez:

• międzynarodowy transfer wiedzy,
  
• przygotowanie i wdrażanie transnarodowych strategii innowacyjności,
• ułatwienie współpracy instytucji naukowo-badawczych i sektora produkcyjnego,
• tworzenie sieci współpracy między MŚP i wirtualnych klasterów,
• współpracę inkubatorów przedsiębiorczości
• tworzenie sieci współpracy pomiędzy instytucjami naukowo-badawczymi i uczelniami wyższymi,
• zapewnienie warunków rozwoju wiedzy poprzez tworzenie transnarodowych sieci szkoleniowych w zakresie kształcenia ustawicznego i wyższego,
• tworzenie strategii i planów działań dot. Powiązań pomiędzy rozwojem zasobów ludzkich i rozwojem wiedzy,
• opracowanie transnarodowych strategii zarządzania zmianami demograficznymi,
• zapewnienie współpracy pomiędzy instytucjami szkoleniowymi i urzędami pracy,
• działania mające na celu poprawę dostępu MŚP do technologii informacyjnych i komunikacyjnych [ang. akronim ICT].

2. Poprawa dostępności do obszaru programowego oraz wewnątrz obszaru programowego poprzez:

• opracowanie rozwiązań komunikacyjnych dla obszarów metropolitarnych, miejskich, wiejskich oraz oddalonych,
• wsparcie działań w zakresie zapewnienia transportu multimodalnego, 
• podniesienie jakości i zwiększenie atrakcyjności transportu publicznego na obszarach miejskich,
• wykorzystanie zaawansowanych rozwiązań technologicznych w zarządzaniu ruchem ulicznym,
• zwiększenie dostępu do informacji i usług (e-learning, e-government, e-business),
• opracowanie strategii, mających na celu zwiększenie bezpieczeństwa w transporcie.

3. Zwiększenie atrakcyjności i konkurencyjności miast i regionów poprzez:

• opracowanie zintegrowanych strategii rozwoju obszarów miejskich i rozwoju regionalnego,
• umożliwienie trwałej współpracy obszarów metropolitarnych,
• tworzenie struktur policentrycznych,
• przygotowanie strategii wsparcia obszarów miejskich w zakresie wspólnego użytkowania infrastruktury, korzystania z usług i zaplecza rekreacyjnego,
• zmniejszenie negatywnych skutków zmian demograficznych i społecznych na rozwój obszarów miejskich i rozwój regionalny, wykorzystanie dziedzictwa kulturowego w celu zwiększenia atrakcyjności miast i regionów, w tym poprzez współpracę instytucji kultury i sztuki.

4. Rozsądne korzystanie oraz zarządzanie środowiskiem naturalnym poprzez:

• zwiększenie czystości (wody, powietrza, gleby),
• działania mające na celu zmniejszenie występowania ryzyka i skutków katastrof naturalnych i wywołanych przez człowieka,
• przygotowanie wspólnych przedsięwzięć w zakresie zachowania i zarządzania obszarami chronionymi,
• wsparcie technologii przyjaznych dla środowiska,
• przygotowanie planów rekultywacji obszarów poprzemysłowych,
• wykorzystanie źródeł energii odnawialnej,
• wykorzystanie alternatywnych źródeł energii w transporcie itp.

Potencjalnymi beneficjentami programów współpracy transnarodowej są:

• podmioty uczestniczące w realizacji polityki przestrzennej na poziomie krajowym, regionalnym i lokalnym,
• jednostki samorządu terytorialnego,
• instytucje zajmujące się rozwojem regionalnym i rozwojem obszarów miejskich oraz wiejskich, ochroną środowiska, transportem, technologiami i innowacjami,
• partnerzy społeczni i ekonomiczni,
• organizacje pozarządowe, 
• agencje rozwoju regionalnego,
• inne agencje zajmujące się promocją przedsiębiorczości, innowacyjności itp.